Tradicionalmente los Huaorani también cultivaban algunas plantas en sus chacras (huertos), principalmente la yuca, muy importante en su dieta. Aún hoy las chacras constituyen una parte muy importante de la cultura Huaorani. De este tema se habla más ampliamente en la sección “La Chacra Huaorani ”, dentro de la sección “Vida cotidiana”

En cuanto a los usos medicinales, los Huaorani conocen plantas cicatrizantes, para curar las picaduras de insectos, para evitar el embarazo, para el dolor de estómago, etc.

Al igual que la fauna, la flora del territorio Huaorani es increíblemente diversa. No olvidemos que este territorio, junto al Parque Nacional Yasuní constituyen uno de los “Refugios del Pleistoceno”, considerado además Reserva de la Biosfera por la UNESCO desde 1989. En una sola hectárea de este territorio se pueden encontrar hasta 644 especies diferentes sólo de árboles. Esto significa que en una hectárea existen casi tantas especies de árboles como en toda Norte América (en donde existen 680 especies de árboles diferentes).

Antiguamente la principal fuente de materiales y medicinas de los Huaorani eran las plantas. Los animales sólo proporcionaban carne para comer, plumas para sus adornos y cera, el resto lo obtenían de las plantas. En algunas comunidades existen aún muchos hombres y mujeres Huaorani que conocen el uso de multitud de plantas.

Los Huaorani utilizaban (y en muchos casos aún utilizan) fibra para tejer las hamacas, bolsas y collares, postes de madera para construir sus casas, hojas de palmera para sus tejados, semillas de diferentes colores y formas para elaborar sus collares, madera de palmera para fabricar las cerbatanas y las lanzas, resina para fabricar partes de las cerbatanas, corteza de lianas para extraer el veneno para sus dardos, raíces para fabricar las cestas, cortezas y hojas para teñir las fibras vegetales, raíces para extraer el veneno con el que pescaban, frutos para comer y elaborar bebidas como la chicha de chonta, frutos para elaborar sus cuencos y un etcétera casi interminable.